El hombre desde sus inicios estuvo vinculado al caballo, que ya aparece en las pinturas
rupestres y es base de  numerosas mitologías. Siempre fue asociado a la libertad, fuerza, elegancia y dignidad. En cuanto a su carácter  terapéutico, son numerosas las citas que, a lo largo de la historia, hacen alusión a la mejoría en la salud humana, derivada de montar a caballo.

Maestri Ittiti (3000 a.C.) Escribió: "Uso general de la disciplina ecuestre en Pedagogía".

Hipócrates (458-377 a.C.)  En su libro Las Dietas, aconsejaba la equitación para "regenerar la salud y preservar el cuerpo humano de muchas dolencias y sobre todo en el tratamiento del insomnio". Además de eso afirmaba que "la equitación practicada al aire libre hace que los músculos mejoren su tono".

Ascepiade di Prusia (120 a.C.) Descubre los beneficios de montar a caballo en la epilepsia y la parálisis.

Galeno (130-199 d.C.) Consolidador  y divulgador de los conocimientos de la medicina occidental, médico personal del Emperador Marco Aurelio (quien era un poco lento en sus decisiones) recomendaba la práctica de la equitación como una manera de que Marco se desenvolviera con mayor rapidez.

Jerónimo Merkurialis (1530-1606) En 1569 el italiano Merkurialis publica en latín su obra “De arte gimnástica” (El arte de la gimnasia) en la que cita una observación hecha por Galeno: "La equitación no solo ejercita el cuerpo, sino también los sentidos".

Thomas Sydenham (1624-1689) El Hipócrates inglés aconsejaba en su libro “Tratado sobre la gota”, practicar asiduamente el deporte ecuestre. En observaciones médicas afirmó: "la mejor cosa que he conocido para fortificar y reanimar la sangre y la mente es montar diariamente y hacer largos paseos al aire libre", por lo que aconsejaba esta actividad como un tratamiento ideal para la tuberculosis, cólicos biliares y flatulencias, llegando a poner a disposición de los pacientes pobres sus propios caballos.

Friedrich Hoffman (1719) En sus tratados dio instrucciones precisas de cómo una persona puede mantener la salud y librarse de graves dolencias a través de la práctica racional de ejercicios físicos. Y  dedica un capítulo a la equitación y a sus inmensos beneficios.

Charles Castel (1734) El abad de St. Pierre, para aliviar la carga económica que suponía el mantenimiento de un caballo y la necesidad de pistas cubiertas, para ser usadas cuando las condiciones meteorológicas no permitían la práctica deportiva al aire libre, inventó en 1734 una "butaca vibratoria" que denominó tremoussoir, que sería usada por Voltaire  para curar una espasticidad obstinada que padecía.

Samuel T. Quelmalz (1697-1758) Médico de Leipzig, Alemania, inventó en 1747 una máquina ecuestre con la que demostró cómo el problema del movimiento y los ejercicios físicos eran afrontados por los médicos de la época. Esta máquina era una especie de grúa que imitaba de la mejor manera posible los efectos inducidos por el movimiento ecuestre. En su obra “La salud a través de la equitación” encontramos por primera vez una referencia al movimiento tridimensional del dorso del caballo.

Giuseppe Benvenuti, Médico de las termas de los Baños de Lucca, en 1772 se interesó por el asunto y dedicó a Sigismundo Chigi, príncipe de Farneta, con los votos de "restablecimiento de la salud con esta práctica", las “Reflexiones acerca de los efectos del movimiento del caballo”, donde indicó que la equitación, además de mantener un cuerpo sano y de promover diferentes funciones orgánicas, causa una activa función terapéutica.

Joseph C. Tissot (1782) Trató exhaustivamente los efectos de los movimientos ecuestres, en su libro “Gimnástica médica o experiencia de los beneficios obtenidos por el movimiento”. Además de los efectos positivos, Tissot también describió, por primera vez, las contraindicaciones de la práctica excesiva de este deporte. De acuerdo con el autor, existen tres formas de movimiento: activo, pasivo y activo-pasivo, que es típico de la equitación. Además ilustró los diferentes efectos de las varias formas de andar, entre ellas, el paso, considerado como el más eficaz del punto de vista terapéutico.

Goethe (1749-1832) El poeta alemán cabalgaba diariamente hasta sus 55 años  y reconoció el valor saludable de las oscilaciones del cuerpo acompañando los movimientos del animal, la distensión benéfica de la columna vertebral, determinada por la posición del jinete sobre la silla y el estímulo delicado, sin embargo constante, que recibe la circulación sanguínea.

Chassaignac (1875) Neurólogo francés que descubrió que un caballo en movimiento mejora el equilibrio, el movimiento articular y el control muscular de los pacientes. Experimentó con esta idea y concluyó que montar a caballo mejoraba el estado de ánimo y que era particularmente beneficioso para los parapléjicos y pacientes con trastornos neurológicos.

Hospital Ortopédico de Oswentry, Inglaterra En 1901 fue fundado el primer hospital ortopédico del mundo, como resultado de la Guerra de los Boers, en África del Sur, para brindar atención al gran número de heridos. Una dama inglesa, voluntaria de aquel hospital, resolvió llevar a sus caballos a fin de quebrar la monotonía del tratamiento de los mutilados. Este es el primer registro de una actividad ecuestre ligada a un hospital.

Equinoterapia moderna

La persona que contribuyó con su ejemplo a la difusión de los  beneficios que se podían obtener por medio de la monta fue la danesa Liz Hartel, quien a los 16 años fue atacada por una forma grave de poliomielitis al punto de no poder durante mucho tiempo trasladarse a no ser en silla de ruedas y luego con muletas. Ella practicaba equitación antes y contrariando a todos, continuó practicándola y ocho años después, en las Olimpíadas de 1952 en Helsinki fue premiada con la medalla de plata en adiestramiento, compitiendo con los mejores jinetes del mundo. El público sólo percibió su estado cuando bajó del caballo para subir al podio y tuvo que valerse de dos bastones canadienses. Esta hazaña fue repetida en las Olimpiadas de Melbourne, en 1956. A partir de este hecho, este ejemplo de auto-terapia despertó en la clase médica empírica un interés por el programa de actividades ecuestres como medio terapéutico, tanto, que en 1954 apareció en Noruega el primer equipo interdisciplinario formado por una fisioterapeuta y su novio que era psicólogo e instructor de equitación. Liz fue una entusiasta propagandista del deporte ecuestre como terapia. Se le reconoce ampliamente como iniciadora e inspiración del movimiento que generó la aparición de las escuelas de equinoterapia en todo el mundo. En 1956 fue creada la primera estructura asociativa en Inglaterra.

Se considera al doctor Max Reichenbach pionero en la investigación científica de la equinoterapia.  Desde 1953 elaboró los primeros estudios científicos con numerosos pacientes en su clínica de fisioterapia en Birkenreuth, Alemania.

A partir de 1960 se generaliza su empleo de forma progresiva en Alemania, Austria, Suiza, Noruega, Inglaterra y Francia Estados Unidos y Canadá, comenzando a emplearse el término hipoterapia.
En 1969 se funda en los Estados Unidos la ‘’ North American Riding for the Handicapped Association (NARHA) que acredita cerca de 1.000 centros y a través de sus programas atiende a 35.000 personas.En 1971 se fundó en Alemania la asociación para la monta terapéutica que hasta hoy impulsa la investigación científica.

En 1987 un grupo de 18 fisioterapeutas de los Estados Unidos y Canadá viajan a Alemania a estudiar hipoterapia, y a partir de entonces se estandariza su empleo, ganando en organización en el periodo 1988 1992, en esta fecha se funda la American Hippotherapy Association. En 1994 se establece en los EEUU el registro nacional de equinoterapeutas
y en 1999 se reconoce la especialidad
En Francia, la denominada reeducación ecuestre nació en 1965 como mencionan De Lubersac y Lallery en la introducción a su manual titulado "La Reeducación a través de la Equitación" (1973), si bien en 1963 ésta ya fue utilizada empíricamente por Killilea en su libro A Karen con amor. En 1965 la equinoterapia se torna una materia didáctica. En 1969 tiene lugar el primer trabajo científico de equinoterapia en el Centro Hospitalario de la Universidad de Salpetiere en París. En 1972 fue hecha la defensa de la primera tesis del doctorado en medicina sobre Reeducación Ecuestre por la Dra. Collete Picert Trinvelin en la Universidad de París, en Val-de-Marne.
El primer congreso de equinoterapia a nivel internacional se realizó en París en 1974. Desde esa fecha hasta hoy se han efectuado congresos cada 3 años.

FRDI (Federation of Riding for the Disabled International) En el año 1980, en Milán se crea la Federación Internacional de Equinoterapia (Federation Riding for the Disabled International, FRDI), cuya sede se encuentra en Bélgica